دستگاه ایمنی یا سیستم ایمنی بخشی از بدن است که سلول‌ها و مولکول‌های خودی را از بیگانه مثل میکروبها و ویروسها را شناسایی می‌کند و آن‌ها را از بین می‌برد یا بی‌خطر می‌کند. گاهی به دلیل تشابه آنتی‌ژن سلول‌های خودی با غیرخودی، سیستم ایمنی به سلول‌های خودی حمله می‌کند و بیماریهای خود ایمنی را ایجاد می نماید.